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動(dòng)植物全基因組重測(cè)序
動(dòng)植物全基因組重測(cè)序是對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行DNA測(cè)序，并在此基礎(chǔ)上完成個(gè)體或群體分析。通過(guò)序列比對(duì)，可以檢測(cè)到大量變異信息，包括單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(SNP),插入缺失位點(diǎn)(Insertion/Deletion, InDel)、結(jié)構(gòu)變異(Structure Variation, SV)位點(diǎn)，拷貝數(shù)變異(Copy Number-Variation, CNV)位點(diǎn)等，獲得同一物種不同個(gè)體的遺傳變異圖譜。利用全基因組重測(cè)序技術(shù)有助于快速發(fā)現(xiàn)與動(dòng)植物重要性狀相關(guān)的遺傳變異，應(yīng)用于分子育種中，縮短育種周期。
優(yōu)勢(shì) 01
滾環(huán)擴(kuò)增構(gòu)建DNB測(cè)序文庫(kù)，PCR-free重測(cè)序檢測(cè)lnDel更精準(zhǔn)，無(wú)index hopping之憂(yōu), 低dup rate無(wú)需人為干預(yù)。
優(yōu)勢(shì) 02
DNBSEQ-T20超高通量，
周期短、性?xún)r(jià)比高。
產(chǎn)品應(yīng)用
目標(biāo)性狀基因挖掘
群體遺傳學(xué)研究
變異圖譜構(gòu)建
分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)及
輔助選擇育種
物種/品種鑒定
動(dòng)植物核心
資源普查
技術(shù)流程
技術(shù)參數(shù)
樣品要求
基因組DNA,無(wú)降解或輕微降解
樣品需求量(單次)
≥1ug
樣品濃度
≥12.5ng/uL
推薦數(shù)據(jù)量
個(gè)體重測(cè)序推薦30X以上，群體重測(cè)序推薦10X以上
案例分析
3K水稻重測(cè)序&泛基因組研究
研究背景
研究策略
3,010份水稻（來(lái)自全球89個(gè)國(guó)家和地區(qū)）代表了全球78萬(wàn)份水稻種質(zhì)約95%多樣性的核心種質(zhì)。通過(guò)全基因組重測(cè)序，每個(gè)樣本平均測(cè)序深度14X，利用重測(cè)序數(shù)據(jù)共檢測(cè)到32Mb的高質(zhì)量SNPs和InDels。對(duì)亞洲栽培稻群體的結(jié)構(gòu)和分化進(jìn)行了更為細(xì)致和準(zhǔn)確的描述和劃分，由傳統(tǒng)的5個(gè)群體增加到9個(gè)，分別是東亞（中國(guó)）的袖稻、南亞的袖稻、東南亞的袖稻和現(xiàn)代袖稻品種等4個(gè)袖稻群體，東南亞的溫帶粳稻、熱帶粳稻、亞熱帶粳稻等3個(gè)粳稻群體、以及來(lái)自印度和孟加拉的Aus和香稻。研究首次揭示了亞洲栽培稻品種間存在的大量微細(xì)結(jié)構(gòu)（＞100bp）變異（SVs，包括易位、缺失、倒位和重復(fù)）。著重研究453個(gè)測(cè)序深度＞20X的品系的SVs，利用SVs構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)與SNP構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)類(lèi)似。大量的SVs可能是不同程度雜種不育和XI與GJ雜種衰退的遺傳基礎(chǔ)。同時(shí)構(gòu)建了亞洲栽培稻的泛基因組，包括12,770個(gè)（62.1%）核心（core）基因家族和9,050個(gè)（37.9%）分散式（distributed）基因家族。發(fā)現(xiàn)了1.2萬(wàn)個(gè)全長(zhǎng)新基因和數(shù)千個(gè)不完整的新基因。核心基因比較古老，大多數(shù)的新基因表現(xiàn)更年輕和長(zhǎng)度偏短。
最初測(cè)序3,024份水稻樣本，后來(lái)進(jìn)行質(zhì)控過(guò)濾掉14份，最終保留3,010份水稻樣本進(jìn)行深度研究。3K RG測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組日本晴Nipponbare上檢泌SNPs、InDels。合并Nipponbare基因組序列和無(wú)冗余的新組裝的基因組序列構(gòu)建泛基因組。利用測(cè)序深度＞20X，比對(duì)深度＞15X的453個(gè)水稻材料進(jìn)行SVs和PAVs分析。a. 基因家族PAVsb. 泛基因組和一個(gè)單獨(dú)旳基因組旳組成成份c. 基于500個(gè)隨機(jī)篩選旳水稻基因組模擬泛 基因組和核心基因組d. 核心和分散式基因家族比例e. 兩個(gè)品系間基因家族平均數(shù)量差異f. 5733主要群組不平衡基因家族特性
