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動植物全基因組重測序
動植物全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進(jìn)行DNA測序，并在此基礎(chǔ)上完成個體或群體分析。通過序列比對，可以檢測到大量變異信息，包括單核苷酸多態(tài)性位點(SNP),插入缺失位點(Insertion/Deletion, InDel)、結(jié)構(gòu)變異(Structure Variation, SV)位點，拷貝數(shù)變異(Copy Number-Variation, CNV)位點等，獲得同一物種不同個體的遺傳變異圖譜。利用全基因組重測序技術(shù)有助于快速發(fā)現(xiàn)與動植物重要性狀相關(guān)的遺傳變異，應(yīng)用于分子育種中，縮短育種周期。
優(yōu)勢 01
滾環(huán)擴(kuò)增構(gòu)建DNB測序文庫，PCR-free重測序檢測lnDel更精準(zhǔn)，無index hopping之憂, 低dup rate無需人為干預(yù)。
優(yōu)勢 02
DNBSEQ-T20超高通量，
周期短、性價比高。
產(chǎn)品應(yīng)用
目標(biāo)性狀基因挖掘
群體遺傳學(xué)研究
變異圖譜構(gòu)建
分子標(biāo)記開發(fā)及
輔助選擇育種
物種/品種鑒定
動植物核心
資源普查
技術(shù)流程
技術(shù)參數(shù)
樣品要求
基因組DNA,無降解或輕微降解
樣品需求量(單次)
≥1ug
樣品濃度
≥12.5ng/uL
推薦數(shù)據(jù)量
個體重測序推薦30X以上，群體重測序推薦10X以上
案例分析
3K水稻重測序&泛基因組研究
研究背景
研究策略
3,010份水稻（來自全球89個國家和地區(qū)）代表了全球78萬份水稻種質(zhì)約95%多樣性的核心種質(zhì)。通過全基因組重測序，每個樣本平均測序深度14X，利用重測序數(shù)據(jù)共檢測到32Mb的高質(zhì)量SNPs和InDels。對亞洲栽培稻群體的結(jié)構(gòu)和分化進(jìn)行了更為細(xì)致和準(zhǔn)確的描述和劃分，由傳統(tǒng)的5個群體增加到9個，分別是東亞（中國）的袖稻、南亞的袖稻、東南亞的袖稻和現(xiàn)代袖稻品種等4個袖稻群體，東南亞的溫帶粳稻、熱帶粳稻、亞熱帶粳稻等3個粳稻群體、以及來自印度和孟加拉的Aus和香稻。研究首次揭示了亞洲栽培稻品種間存在的大量微細(xì)結(jié)構(gòu)（＞100bp）變異（SVs，包括易位、缺失、倒位和重復(fù)）。著重研究453個測序深度＞20X的品系的SVs，利用SVs構(gòu)建的進(jìn)化樹與SNP構(gòu)建的進(jìn)化樹類似。大量的SVs可能是不同程度雜種不育和XI與GJ雜種衰退的遺傳基礎(chǔ)。同時構(gòu)建了亞洲栽培稻的泛基因組，包括12,770個（62.1%）核心（core）基因家族和9,050個（37.9%）分散式（distributed）基因家族。發(fā)現(xiàn)了1.2萬個全長新基因和數(shù)千個不完整的新基因。核心基因比較古老，大多數(shù)的新基因表現(xiàn)更年輕和長度偏短。
最初測序3,024份水稻樣本，后來進(jìn)行質(zhì)控過濾掉14份，最終保留3,010份水稻樣本進(jìn)行深度研究。3K RG測序數(shù)據(jù)比對到參考基因組日本晴Nipponbare上檢泌SNPs、InDels。合并Nipponbare基因組序列和無冗余的新組裝的基因組序列構(gòu)建泛基因組。利用測序深度＞20X，比對深度＞15X的453個水稻材料進(jìn)行SVs和PAVs分析。a. 基因家族PAVsb. 泛基因組和一個單獨旳基因組旳組成成份c. 基于500個隨機(jī)篩選旳水稻基因組模擬泛 基因組和核心基因組d. 核心和分散式基因家族比例e. 兩個品系間基因家族平均數(shù)量差異f. 5733主要群組不平衡基因家族特性
